W grze Shinobi gracze wcielają się w role tajnych agentów najpotężniejszych klanów feudalnej Japonii. Wszystkie klany walczą o dominację w kraju, chcąc zjednoczyć Japonię pod swoim sztandarem. Nawet najliczniejsze i najlepiej uzbrojone armie mogą stać się bezużyteczne, jeśli otrzymają fałszywe rozkazy, wpadną w zasadzkę czy stracą swojego przywódcę.

Każdy z graczy ma wpływ na wszystkie pięć klanów, lecz do końca gry pozostaje zagadką, który uczestnik służy danemu klanowi. Aby doprowadzić swój klan do zwycięstwa, trzeba nie tylko planować z wyprzedzeniem, ale także wykazać się sprytem.